Cốt truyện trong bộ anime World Trigger Phần 2 kể về thành phố Mikado, tại đó xuất hiện “cánh cổng” dẫn đến một thế giới khác và cũng chính tại đây là nơi đã đưa những quái vật được gọi là “Neighbors” đến. Lúc đầu, con người bị choáng ngợp khi vũ khí của họ vô dụng trước Neighbours, cho đến khi một tổ chức bí ẩn xuất hiện có khả năng đẩy lùi các cuộc tấn công của Neighbors.
Những sinh vật bí ẩn được một tổ chức này có tên là National Defense Agency thành lập lên để tiêu diệt, hay “Border”, và đã chiếm đoạt công nghệ Neighbor gọi là “Trigger”, cho phép người dùng truyền năng lượng bên trong gọi là Trion và sử dụng nó làm vũ khí hoặc cho các mục đích khác. Câu chuyện trong phim World Trigger 2nd Season sẽ diễn ra như thế nào đây?